安徽中醫(yī)藥高等專(zhuān)科學(xué)校前身為創(chuàng)建于1960年的蕪湖市中醫(yī)學(xué)校，2002年經(jīng)教育部批準(zhǔn)，學(xué)校在全國(guó)同類(lèi)院校率先獨(dú)立升格為“安徽中醫(yī)藥高等專(zhuān)科學(xué)?！?。為整合衛(wèi)生教育資源，2006年、2012年，蕪湖市委、市政府先后將市中醫(yī)醫(yī)院、市口腔醫(yī)院成建制整體劃歸學(xué)校。近年來(lái)，在市委、市政府的領(lǐng)導(dǎo)下，在省委教育工委、省教育廳的指導(dǎo)下，學(xué)校辦學(xué)規(guī)模不斷擴(kuò)大、辦學(xué)實(shí)力日益增強(qiáng)、辦學(xué)特色更加彰顯，學(xué)校現(xiàn)為全國(guó)中醫(yī)藥職業(yè)教育教學(xué)指導(dǎo)委員會(huì)副主任委員單位、安徽省中醫(yī)藥現(xiàn)代化研究會(huì)理事長(zhǎng)單位、安徽省技能型高水平大學(xué)建設(shè)單位、安徽省聯(lián)合培養(yǎng)普通專(zhuān)升本學(xué)生試點(diǎn)院校、安徽省“三全育人”綜合改革試點(diǎn)院校，目前學(xué)校正在奮力創(chuàng)建中醫(yī)藥特色鮮明的應(yīng)用型本科院校。

安徽中醫(yī)藥高等專(zhuān)科學(xué)校下轄2所直屬附屬醫(yī)院、1個(gè)中藥資源研究所、1個(gè)天然藥用植物園、1個(gè)中醫(yī)藥博物館和《現(xiàn)代中藥研究與實(shí)踐》雜志社，擁有9所非直屬附屬醫(yī)院，24家教學(xué)醫(yī)院、3所產(chǎn)業(yè)學(xué)院、3所臨床學(xué)院、1所專(zhuān)業(yè)學(xué)院，130余個(gè)長(zhǎng)三角地區(qū)穩(wěn)定的實(shí)習(xí)基地。其中，附屬醫(yī)院（蕪湖市中醫(yī)醫(yī)院）創(chuàng)立于1958年，為“全國(guó)首批示范中醫(yī)醫(yī)院”、“國(guó)家三級(jí)甲等綜合性中醫(yī)醫(yī)院”；附屬口腔醫(yī)院（蕪湖市口腔醫(yī)院），是我市唯一一所集教學(xué)、治療、預(yù)防、保健為一體的二級(jí)口腔專(zhuān)科醫(yī)院；天然藥用植物園占地500余畝，內(nèi)有藥用植物1200多種；中醫(yī)藥博物館占地面積4000平方米，是全國(guó)科普教育基地、安徽省愛(ài)國(guó)主義示范教育基地；《現(xiàn)代中藥研究與實(shí)踐》為中國(guó)科技核心期刊，是國(guó)內(nèi)研究中藥材生產(chǎn)和質(zhì)量管理領(lǐng)域最具影響力的學(xué)術(shù)期刊之一。